Durante lo scontro fra Deidara e Sasuke, Tobi viene trapassato dalla spada di quest'ultimo, senza però riportare alcun danno apparente; lo stesso accade successivamente quando viene colpito da un Rasengan di Naruto. Sembra che Tobi conosca molto bene le tecniche di Deidara; quando questi infatti parla del suo C4, Tobi ne sembra terrorizzato soltanto all'idea. Sempre in questo duello, Tobi nasconde le mine-bomba del gigantesco drago di argilla di Deidara sotto terra. Si tiene poi in disparte per il resto dello scontro, rimanendo però coinvolto nell'esplosione derivante dal suicidio di Deidara.
Tobi sopravvive all'esplosione di Deidara e appare trasformato nel comportamento; afferma che il suo vero nome è Madara Uchiha, affermazione confermata dal fatto che dal buco della sua maschera s'intraveda lo Sharingan, abilità innata esclusiva del clan Uchiha. Tobi riprenderà il suo carattere abituale quando si incontrerà con i ninja di Konoha, intenti a raggiungere Sasuke Uchiha, impegnato in uno scontro con suo fratello Itachi. Proprio durante questo scontro Itachi rivelerà di aver avuto come maestro e complice nello sterminio del Clan Uchiha proprio Madara, il quale avrebbe scoperto ben due segreti dello Sharingan Ipnotico Eterno: il controllo della Volpe a Nove Code e il potere di non perdere la vista usandolo, trapiantandosi gli occhi di un altro membro del clan (in questo caso suo fratello). noltre Itachi svela che Madara ha creato l'Akatsuki.
Richiamato da Zetsu dopo aver ricevuto la notizia che Itachi è morto e che Sasuke è in fin di vita, Tobi abbandona il combattimento con i ninja della Foglia, ma prima di farlo, fa capire alla squadra di Kakashi che egli è in possesso dello Sharingan. Arriva nel suo covo dove cura Sasuke. Quando Sasuke si sveglia Tobi gli mostra parte del suo volto e il suo Sharingan. Alla vista di quest'ultimo lo Sharingan di Sasuke attiva l'Amaterasu. Tobi, una volta liberatosi dalla tecnica, dichiara di essere Madara Uchiha e che gli svelerà la verità su Itachi Uchiha.
Passato
Prima della fondazione del Villaggio della Foglia, c'erano due clan rivali fra loro e pergiunta i più potenti: il Clan Uchiha e il Clan Senju della foresta. I membri dei due clan lottavano spesso fra di loro, così come i loro due comandanti: Madara Uchiha e Hashirama Senju. Dato che le dure battaglie avevano decimato le schiere dei due clan, i Senju proposero un trattato di pace con gli Uchiha, accettato di buon grado da tutti, tranne che da Madara, che lo vedeva come un insulto a suo fratello, che si era sacrificato per lui donandogli spontaneamente i suoi occhi; ma gli Uchiha volevano la tregua e come loro leader non poté far altro che accettare. Successivamente i due clan si allearono con il Paese del Fuoco, e fondarono il Villaggio della Foglia, ponendo così la base del sistema di un Villaggio per ogni Paese e quindi l'inizio di un periodo di pace. Ma la disputa per la nomina di Hokage (capo del Villaggio) gettò Konoha nel caos. La carica venne assegnata ad Hashirama, ed era ormai chiaro che gli Uchiha avrebbero perso la loro supremazia. Così Madara, per il bene del suo clan, si oppose al Primo Hokage. Nessun Uchiha lo seguì, pensando che fosse mosso solo dalla brama di potere. Tradito da tutti lasciò il Villaggio. Per la sua vendetta sfidò Konoha, ma, sconfitto nella Valle della Fine dal Primo Hokage e creduto morto, fu dimenticato da tutti. Per evitare che qualche altro Uchiha si ribellasse, il fratello minore di Hashirama, il Secondo Hokage, in segno di fiducia diede al clan un posto di rilievo nel Villaggio, creando la Polizia Militare di Konoha.
Dopo l'attacco della Volpe a nove code i consiglieri anziani del Villaggio sospettarono che il Clan Uchiha avesse tentato di distruggere Konoha; ma, stando a ciò che dice Madara, fu un disastro naturale. Nonostante ciò il clan fu messo sotto sorveglianza e rinchiuso in un quartiere della città, separandolo dal resto della popolazione, con il dissenso del Terzo Hokage. Ci furono i primi malumori e sospetti, che alla fine divennero realtà: il Clan Uchiha complottò un colpo di stato per prendere il potere. In risposta a questa minaccia i consiglieri infiltrarono una spia all'interno del clan: Itachi.
Poco prima della fatidica notte, Itachi incontrò casualmente Madara, che provava ancora rancore verso il suo clan. Ancora non sono chiari i rapporti che vi erano tra Itachi e l'ex Leader degli Uchiha, fatto sta che il giovane convinse Madara a diventare suo complice ed aiutarlo nello stermino del clan e a non attaccare Konoha.
Storia parte II
Successivamente si viene a scoprire di un segreto di Madara: egli si presenta a Kisame togliendosi la maschera; lo spadaccino della nebbia lo riconosce come, oltre come a Madara, il Mizukage (il Kage del Villaggio Della Nebbia). Sono ancora sconosciute le modalità con cui Madara ha fondato l'Akatsuki e il perché indossi la maschera. Dopo che Madara racconta la storia di Itachi a Sasuke, quest'ultimo attiva lo Sharingan Ipnotico, rinomina la sua squadra Team Taka (Falco) e decide di vendicare i sacrifici di Itachi distruggendo Konoha stessa. Madara unifica così Akatsuki e Team Taka ed assegna alla squadra del giovane Uchiha il compito di catturare il Demone ad Otto Code.
Sucessivamente si incontra con Pain e Konan, ordinando al Leader del Villaggio della Pioggia di catturare Kyuuby. Quest'ultimo parte alla volta di Konoha insieme a Konan, con obiettivo Naruto. Dopo la cattura del Demone ad Ottocode compiuta dal Team Taka, Madara da il via alla tecnica del Sigillo dei Nove Draghi, insieme a Kisame e Zetsu, per sigillare l'Ottocode. Purtroppo per lui il vero Killerbee (il Jinchuuriki del Demone), era già sparito da tempo, ingannando Sasuke e quindi Madara. Veniamo così a conoscenza che Pain non è l'unico a saper utilizzare la tecnica per il confinamento dei Bijuu.
